1940

După o serie de restructurări, Comitetul Ştiinţific Moldovenesc a fost reorganizat în Institutul Moldovenesc de Cercetări Ştiinţifice în Istorie, Economie, Lingvistică şi Literatură. Institutul, împreună cu Biblioteca Ştiinţifică, a fost transferat la Chişinău, str. Mihailovski, 529 (în prezent str. M. Eminescu).

1947

Biblioteca funcţiona în cadrul Institutului de Istorie, Limbă şi Literatură al Bazei Moldoveneşti de Cercetări Ştiinţifice a AŞ a URSS. Paralel cu aceasta, a fost înfiinţată o a doua bibliotecă de literatură în domeniul ştiinţelor naturale şi exacte cu denumirea Biblioteca Bazei Moldoveneşti de Cercetări Ştiinţifice (din 1949 – Biblioteca Filialei Moldoveneşti) a Academiei de Ştiinţe a URSS.

1961

Crearea Academiei de Ştiinţe a RSS Moldoveneşti. Bibliotecile academice continuau să funcţioneze paralel: una se numea Biblioteca Secţiei de Ştiinţe Socioumane, iar a doua – Biblioteca Ştiinţifică Centrală a Academiei de Ştiinţe.

1963, 25 septembrie

Prin Hotărârea nr. 18/111 Prezidiul Academiei de Ştiinţe a decis comasarea celor două biblioteci în una singură cu denumirea ei actuală – Biblioteca Ştiinţifică Centrală a Academiei de Ştiinţe.

1964

Fondul general al BŞC număra 353679 de documente. S-a început organizarea filialelor BŞC în noile clădiri ale institutelor de pe actuala stradă a Academiei.

2006

Biblioteca îşi schimbă sediul central pe strada Academiei 5a, beneficiind de un spaţiu nou, adaptat serviciilor.

2014-curent

Actuala instituție Biblioteca Științifică (Institut) „A. Lupan”, a fost instituită în 2014 ca rezultat al transformării Institutului de Studii Enciclopedice prin absorbția (fuziunea) Bibliotecii Științifice Centrale.